临床上胚胎停育的情况越来越多，困扰着许多女性朋友。胚胎停育的原因有很多种：
遗传异常夫妻双方及胚胎存在染色体数量或结构异常、基因多态性、基因突变而导致的染色体异常，均属于遗传异常。染色体异常是导致孕早期胚胎停育最常见的原因之一，占导致孕龄<8孕周胚胎停育的50%~60%。常见的染色体数量异常为三倍体，染色体结构异常包括染色体缺失、重叠、倒位及平衡易位等。所以此部分的胚胎停育，属于自然选择，女性朋友不必纠结。
解剖学异常包括子宫畸形，如子宫发育不良、单角子宫、双子宫及子宫纵隔等；子宫异常，如重度宫腔粘连、子宫肌瘤、子宫内膜疾病等，这些均可影响宫腔内环境和子宫血供，从而影响胚胎着床和发育。为避免此类情况出现，孕前一定要根据个人情况找医生面诊，做相关检查，以降低胚胎停育的发生概率。
感染因素导致孕早期胚胎停育的感染因素包括全身感染和女性生殖道感染。衣原体、支原体、淋球菌也是可能导致女性生殖道感染的常见病原体。它们可引起宫颈黏膜上皮损伤，造成宫腔内感染，从而损害胎膜完整性，引起胚胎停育。
近年来研究发现，细菌或病毒感染也可导致胚胎停育，风疹、巨细胞病毒和弓形虫，也可通过胎盘导致胎儿染色体畸形而发生胚胎停育。
孕前的优生优育检查及相关感染因素检查十分重要，孕期结合自身情况在医生指导下增加其他相关检查也是很有必要的。